一说被大铁箱子救了一命
根据谷应泰在《明史纪事本末》的记载：燕军破城而入时，朱允炆欲拔刀自尽，少监王钺在侧拦住说：“陛下不可轻生，从前太祖升遐时，曾留有一个箱子，并说‘子孙若有大难，可开箱一视，自有方法’。”朱允炆即命王钺取箱，片刻后有太监四人，扛一箱入殿，箱的四围俱用铁皮包裹，连锁心内也灌生铁。王钺取了铁锥，将箱敲开，里面藏着度牒三张，以及袈裟僧帽僧鞋等物，并有剃刀一柄，白银十锭，及一张纸，纸中写着：“允炆从鬼门出，余人从水关御沟出行，薄暮可会集神乐观西房。”朱允炆叹息道：“天命如此，还有什么可说的？”太监立即取出剃刀，给朱允炆剃发。朱允炆脱了衣冠，披上袈裟，藏好度牒；一面命纵火焚宫。顿时火光熊熊，把金碧辉煌的皇宫，烧为灰烬。皇后马氏，投火自尽，妃嫔多半焚死。朱允炆痛哭一场，麾衣出走。鬼门在太平门内，是内城一矮门，仅容一人出入，外通水道。朱允炆伛偻先出，其余亦鱼贯出门。门外正好有一艘小船，船中有一道士，呼朱允炆乘舟，并叩首称万岁。道士说：“昨夜梦见高皇帝，命臣来此守候。”流亡诸人遂乘舟而去。
这是个十分离奇的传说，流传很广。在西南数省留有不少有关朱允炆的遗址和传说。据说是朱允炆避难贵州金竺（今贵州广顺）时，还作了一首诗：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
颇为符合朱允炆身份。
虽然无法证实朱允炆是否真的流亡道西南一带，但其下落终成为一件悬案，谁也不能肯定他是否真的被烧死了。朱棣在大火中找到了两具尸体，当作是朱允炆与皇后马氏下葬，但其实他内心深处，也对朱允炆的死很怀疑。朱棣曾经派户科给事中胡濙，配上认识朱允炆面貌的内侍朱祥，以寻访武当道士张三丰（时人称为“张邋遢”，大名鼎鼎的奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里）的名义，从陆路遍访各州、郡、乡、邑，打探朱允炆的下落。永乐二年（1404年），又有谣传说朱允炆已经逃亡海外，朱棣又派亲信宦官郑和（世称“三保太监”）领兵浮海，远巡西洋，这就是历史上著名的“郑和下西洋”，但也未查到朱允炆下落。
永乐二十一年（1423年），在外面漂泊十几年的胡濙突然赶回北京。此时朱棣驻地刚好在宣府驻军。胡濙匆忙赶到宣府时，已经是深夜，朱棣已经睡下，听到是胡濙回来，立即批衣照见。君臣二人一直密谈到四更。《明史》记载说：“先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”如此推断，显然胡濙已经打探到了朱允炆的确切消息，而且事隔多年，朱允炆已经没有任何争夺皇位的想法和可能了。自此，朱棣不再追查朱允炆的踪迹。
还有记载说后来年已六十四岁的朱允炆因被人发现而被接入京城。明英宗为了辨明真伪，让曾侍奉过朱允炆的老太监吴亮出来鉴别，朱允炆的左脚趾上有颗黑痣，吴亮验过属实，就捧着朱允炆的脚哭了起来，朱允炆就被迎入宫内居住，直到老死。
万历二年（1574年）十月，十二岁的明神宗朱翊钧突然向首辅张居正问及朱允炆的下落。张居正当时回答说：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝（朱允炆）当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见张居正也认为朱允炆并没有烧死，而是逃走了。因为时间已久，明成祖朱棣当时担心的朱允炆复辟问题已经不复存在，连明神宗都公然发问，可见当时已经不是什么忌讳。
朱允炆的真正下落，至今难以确考，为明史的一大疑案。
又一说建文帝可能逊国出亡
建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
逊国为僧，云游四方正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希 贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
西南数省，留有很多有关建文帝的遗址和传说。徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝曾在贵州白云山修行时遗留的遗迹：“有巨杉二株，爽立磴（dènɡ）旁，大合三人抱；西 一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也；前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前槛下，是为‘跪勺泉’。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰‘跪’，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈余，后有石龛，可旁为榻。其右有小穴，为米所从出流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像（阁名‘潜龙胜迹’，像昔在佛阁，今移置此）乃巡方使胡平运所建， 前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”
一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺（今贵州广顺）时所作：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
朱棣做了皇帝以后，对于建文帝出亡也是将信将疑，又听说了很多传言，于是派户科给事中胡分巡全国。《明史·胡传》载“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝（指成祖） 疑之。（永乐）五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在 ，以故在外最久。”朱棣是让胡以颁布御制诸书和访寻张邋遢的名义探寻建文帝的下落，前后长达16年之久。这里所说的张邋遢，就是小说中经常出现的张三丰。他是个奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里。成祖对胡侦缉建文帝的事情非常重视，不允许他为母“丁忧”的请求（官员父母逝世，应守孝三年，称为丁忧）。永乐二十一年，胡匆忙赶回北京， 恰巧成祖北征驻军宣府。胡赶到宣府时成祖已经休息，听说胡回来后马上接见，二人一直谈 到四更。《明史》中说：“先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”看来胡是打听到了建文的确切消息，似乎事隔多年建文帝已经没有重夺帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究问建文帝踪迹。
漂洋出海，不知所终有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋， 拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵 ，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为踪迹建文帝。据《明史》载 ：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑和的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹,就不得而知了。
北京西山说 谷应泰《明史纪事本末》和郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州官府，自称是建文帝。当地官员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦官吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年九十余。当地官员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武十七年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的 。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
江苏吴县说 《文汇报》的记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的 一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到1423年病殒于此，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
四川望京寺说有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。 建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》，称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。当然，这一说法还有待于进一步的验证。
对建文帝出亡谜案的解释、传说、附会决不是上面列出的几种，有许多凄美的故事在许多书籍、口头上流传开来，而且也必将流传下去。当然，建文帝的结局到底怎样，谁也没有确凿的证据，成为中国历史上一个难以解开的谜
锦囊纯属胡说八道
1402年6月13日，大明帝国的首都南京城门紧锁，城内一片混乱，所有人都如临大敌。皇宫中的建文帝朱允炆更是不知所措，他不明白为何燕王大军来的如此之快，如今现已十万火急。他是太祖皇帝钦定的皇帝，是全国之主，为何燕王起兵造反，全国却不曾有戎马前来勤王？
如今朱允炆现已没有时刻来考虑这些问题了，由于那个草包李景隆现已翻开南京城门，开端迎候新主子燕王入城了。朱允炆寂然的坐在龙椅上，知道大势已去。25岁朱允炆绝望了，他决定用自杀的方法来捍卫自个皇帝的尊严，也绝不向自个的叔叔朱棣屈服。
正在他预备着手完毕自个生命之时，周围的太监俄然阻止了他，说道：“皇上，您还记住太祖皇帝曾经留给您一个宝箱吗？让您在遇到大难之时翻开，太祖皇帝自有化解的方法！”
朱允炆赶忙叫人将箱子取出，翻开以后，里边有一套袈裟，度牒，僧帽，并有一封信件。朱允炆翻开信以后，发现是爷爷朱元璋亲手所写，让自个化装变成和尚，经过宫中密道出逃。并在信中画出了出逃的道路，朱允炆无法，只得按照朱元璋的道路逃出南京城。
上面的记载出自明代万历年间出书的《致身录》，书中将靖难之役中朱允炆的出逃，归功于朱元璋的锦囊妙计。以为朱元璋当年在太子朱标身后，坚持将皇位传给朱允炆，就现已猜到，自个身后燕王朱棣必定会造反。为了不让朱允炆不得善终，所以才会留下一个宝箱，做好后事的组织。
不过此事的可信度并不高，假如朱元璋当年真的如此锦囊妙计，知道日后燕王朱棣会造反，为何不早早通知朱允炆，或许爽性将燕王放在京城软禁。
各位也许会说，朱元璋为何不杀了朱棣，这么孙子的皇位就安定了。那你就不了解朱元璋了，朱元璋有极强的家族观念，他以为全国可信任之人只有朱姓。历史上篡位之人，无非两种，权臣、藩王，假如权臣篡位那大明朝就不姓朱了，而假如藩王篡位，将来皇帝位子仍是姓朱的人坐——这是最坏的结局，但关于朱元璋来说并非不行承受。
一说朱允炆没有死 后回皇宫终其天年
在柏杨著的《中国人史纲》里写道：朱允炆在危急时打开祖父朱元璋留下的秘密铁匣，里面有一把剃刀、一份度牒（和尚证明文件）、一件袈娑（和尚衣服）和碎银币若干（逃亡时零用）。于是剃发为僧，从宫后水门逃出，浪迹江湖三十余年。到四十年代一四四○年，当时的皇帝是朱棣的重孙第六任皇帝朱祁镇，恩怨已消。朱允炆才表明身份，回到宫中。终其天年。
反驳意见
很多野史里写的很玄乎，说什么 南京城破当时，建文要自杀，结果身旁的太监拦住了他。给他了个朱元璋留给的他的包袱。里面有 僧衣，僧帽，还有牒文，50两的黄金，貌似还有个 画着逃跑的地图…….建文借此逃出升天。。
除非朱元璋是个神仙，不让不会预测以后发生的事，如果知道朱棣要造反，以朱元璋的性格是绝对会杀了朱棣的。
所谓锦囊只是一些电视的剧情设计，使电视更加好看而已。如果真想了解历史就应该去看一些史书。 明朝那些事 和 洪武皇帝大传 永乐皇帝大传 这些都不错的
